Borja Franco Llopis és professor superior de piano pel Conservatori de Castelló (2002) i és llicenciat en història de l’art per la Universitat de València (2005), on va obtenir, a més, el Primer Premi Nacional de Llicenciatura. Es va doctorar a la Universitat de Barcelona (2009) amb menció europea i premi extraordinari de doctorat. A més, posseeix diversos diplomes de postgraduat en filosofia i art contemporani. Des del 2024 és catedràtic al Departament d’Història de l’Art de la Universitat Nacional d’Educació a Distància (UNED) després d’haver sigut també professor a la Universitat de València (2010-2015).
  Ha estat investigador visitant (visiting scholar) a l’Escola d’Arqueologia i Història del Consell Superior d’Investigacions Científiques a Roma (2007), l’Institut Històric Italià per a l’Edat Mitjana a Roma (2008), l’Institut Warburg de Londres (2012), la Universitat Johns Hopkins (2013), la Universitat de Califòrnia a Berkeley (2013), la Universitat Harvard (2017), la Universitat Colúmbia (2017), la Universitat de Nova York (2019) i la Universitat Nova de Lisboa (2019). També ha estat professor convidat a diverses institucions europees i americanes.

La seva recerca se centra en l’estudi dels moriscos a la península Ibèrica des d’una visió pluridisciplinària. S’interessa per la seva representació a les belles arts, la creació de la imatge visual i literària en diverses fonts conservades o en l’art efímer, els usos artístics per a la seva conversió i, a més, la relació amb el món otomà entre els segles xv i xvii. Fruit d’aquest treball destaquen la publicació dels llibres La pintura valenciana entre 1550 y 1609. Cristología y adoctrinamiento morisco (Lleida i València, Edicions de la Universitat de Lleida i Publicacions de la Universitat de València, 2008); Pintando al converso. La imagen del morisco en la Península Ibérica (Madrid, Cátedra, 2019) i Imágenes del islam y fiesta pública en la corte portuguesa. De la Unión Ibérica al terremoto de Lisboa (Gijón, Trea, 2021). En aquest sentit, ha estat investigador principal de diversos projectes de recerca, entre els quals destaca la cocoordinació de «COST Action 18129: Islamic Legacy: Narratives East, West, South, North of the Mediterranean (1350-1750)», que ha rebut el premi European Heritage Awards / Europa Nostra Awards 2025.
  Altres línies de recerca que ha treballat han estat vinculades a la pintura hispànica, gràcies a una beca postdoctoral al Centre d’Art d’Època Moderna (CAEM) de la Universitat de Lleida, sota la direcció del professor Ximo Company. També ha estudiat assumptes de col·leccionisme valencià, principalment la figura del marquès de Campo, o, per acabar, s’ha interessat pel patronatge dels jesuïtes sobretot en relació amb la figura de Francesc de Borja i el ducat de Gandia.
  Ha gaudit d’importants ajudes com les de la Fundació BBVA per a recerques històriques i creadors culturals, així com la Ramón y Cajal i la José Castillejo. És membre de l’Academia Joven de España i la Young Academy of Europe.