Josep Maria Marquès i Planagumà va ser eclesiàstic i historiador. Va viure la infància a Vilobí d’Onyar (Gironès) i són proverbials els mètodes que utilitzava el seu pare per desvetllar la seva capacitat intel·lectual. Va fer els estudis eclesiàstics al Seminari de Girona i fou ordenat prevere el 6 de juliol de 1963. El curs 1963-1964 es va llicenciar en teologia a la Pontifícia Universitat Gregoriana de Roma.
  El 1964 va retornar a Girona i va exercir de vicari a Sarrià de Ter (Gironès). Del 1965 al 1972 fou professor de teologia fonamental i bibliotecari del Seminari Diocesà de Girona. Del 1965 al 1971 va col·laborar a les tasques pastorals de la parròquia de Sant Josep de Girona; del 1965 al 1967 fou consiliari de la Germandat Obrera d’Acció Catòlica i, del 1967 al 1971, director del Secretariat Diocesà de Catequesi i, durant un temps, consiliari diocesà de l’Escoltisme. Del 1971 al 1972 va formar part de l’Equip Pastoral de la parròquia de Sant Feliu de Girona.
  El 1972 va retornar a la Pontifícia Universitat Gregoriana de Roma i es va llicenciar en història eclesiàstica. Durant aquesta segona estada a Roma fou, des del 1974, becari de l’Institut Espanyol d’Història Eclesiàstica i administrador de l’Església Nacional de Montserrat. El 16 de juny de 1978 va presentar un estudi sobre la nunciatura de la Santa Seu a Madrid al segle xvii i va publicar els índexs de l’arxiu d’aquella nunciatura presents a l’Arxiu Secret del Vaticà (1983).
  El 1978 va retornar a la diòcesi de Girona i va reprendre la docència al Seminari de Girona, d’on fou degà d’estudis del 1978 al 1984, bibliotecari del 1978 al 1980 i administrador del 1978 al 1988. El 1981 va obtenir la llicenciatura en filosofia i lletres per la Universitat de Barcelona. En el camp de la docència, fou professor de religió de l’IES Salvador Espriu de Salt (1978-1985), professor de pedagogia religiosa a l’Escola Normal de Magisteri de Girona i, posteriorment, a la Facultat de Ciències de l’Educació de la Universitat de Girona (1985-1997). Del 1986 al 1996, fou professor de la Facultat de Teologia de Catalunya de Barcelona. Des del 1988 fou professor d’història de l’Església a l’Institut de Teologia de Girona, posteriorment anomenat Institut Superior de Ciències Religioses de Girona. Des del 1980 fou director de l’Arxiu Diocesà de Girona i, a partir del 2003, cap de Servei del patrimoni històrico-documental de la Diòcesi de Girona. Fou rector de Fornells de la Selva (1988-2001), de Sils, Riudarenes, l’Esparra i Vallcanera (2001-2003) i de Quart (2003-2005).

Cal destacar l’ingent treball de classificació a l’Arxiu Diocesà, les iniciatives per a posar la documentació a l’abast dels investigadors i les seves publicacions sobre història de l’Església, especialment sobre la història de la diòcesi de Girona i particularment de les parròquies. La seva bibliografia conté quatre-cents quatre títols entre llibres i articles, dels quals cal destacar la història de la Diòcesi de Girona també publicada en espanyol.
  Entre els estudis més propers al món de l’art destaquen els llibres de divulgació dins la col·lecció «Sant Feliu» que va promoure ell mateix, dedicada bàsicament a la història de parròquies del Bisbat de Girona amb vint-i-tres títols dels quals és autor d’onze títols. Destaquen també els llibres publicats pels Quaderns de la Revista de Girona: Rutes d’art sacre (1939-1985) el 1986 i Per les esglésies, Girona 2000, el 1999. També cal destacar Cultura i art d’església a la Diòcesi de Girona. 1986-1999, publicat el 1999 com un annex i una continuació de Rutes d’art sacre, esmentat anteriorment. Marc Sureda destaca, a banda de la qualitat històrica, «la valoració d’un patrimoni artístic recent i l’esforç d’anàlisi i difusió d’unes formes religioses de la cultura popular que avui desapareixen gairebé a corre-cuita».
  Una altra col·lecció que va realitzar fou la titulada «Francesc Montsalvatje», dedicada a aportacions històriques sobre el Bisbat de Girona, i va arribar a publicar set títols, dels quals cinc els signa ell. També va publicar en obres col·lectives, de les quals destaquen els estudis vinculats més directament al món de l’art, com ara «Comitents i documentació de l’art de l’església al bisbat de Girona, s. xvi», a De Flandes a Itàlia. El canvi de model en la pintura catalana del segle xvi. El bisbat de Girona (Girona, Museu d’Art de Girona, 1998); «Santa Maria de Vilabertran, els homes i l’edifici», a Santa Maria de Vilabertran, 900 anys (Figueres, Institut d’Estudis Empordanesos; Girona, Patronat Eiximenis, 2002). Al Diccionari d’història eclesiàstica de Catalunya va signar 577 entrades, sobretot dedicades a les parròquies gironines, a l’episcopologi gironí i a diversos personatges de la diòcesi. Es van publicar diversos articles a revistes d’estudis, entre les quals destaquen Annals dels Estudis Gironins, Estudis del Baix Empordà, Annals dels Estudis Empordanesos, Revista de Girona, Patronat d’Estudis Històrics d’Olot i Comarca. Annals, Quaderns del Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles, Arxiu de Textos Catalans Antics, Anthologica Annua, Hispania Sacra, Annalecta Sacra Tarraconensia, Miscel·lània Litúrgica Catalana, entre d’altres.
  Fou membre de l’Institut d’Estudis Gironins i la Societat d’Estudis Litúrgics. La Real Academia de la Historia el va nomenar membre corresponent (2001). El 1996 va rebre un dels premis a l’Actuació Cívica de la Fundació Jaume I (Fundació Lluís Carulla). El novembre del 2010, a cura de Narcís Figueras i Pep Vila, es va publicar la Miscel·lània en honor de Josep Maria Marquès (Diputació de Girona, Patronat Francesc Eiximenis, Publicacions de l’Abadia de Montserrat). Les 487 pàgines recullen seixanta-tres aportacions o contribucions de temàtiques i orientacions diverses centrades en un primer apartat anomenat «Estudis litúrgics i ciències religioses» i en tres apartats dedicats a «Història, societat i cultura» corresponents a les èpoques medieval, moderna i contemporània . Al seu torn, cada apartat és distribuït en dos subapartats sota els epígrafs «història i cultura escrita» i «Art i patrimoni». A la introducció, el professor Joan Bada Elias hi publica l’article «Biobibliografia de Josep M. Marquès (1939-2007)», que actualment és el millor estudi de Josep Maria Marquès, ja que completa i supera les diverses notes necrològiques que s’havien publicat d’ell.