Agustí Arqués i Jover va néixer en una família de pagesos benestants de Cocentaina, on el seu pare era regidor. Va estudiar les primeres lletres a la seva ciutat i va ingressar al convent mercedari de Santa Llúcia d’Elx el 1749, amb quinze anys. Poc després va passar al reial convent mercedari de València, on finalment es va llicenciar en arts i teologia. Va ser ordenat sacerdot i va celebrar la primera missa el 6 de juny de 1756 al convent de la Mare de Déu del Miracle de Cocentaina. Dins l’orde mercedari va exercir diverses tasques docents, com ara la de visitador, i finalment fou nomenat arxiver general entre els anys 1782 i 1793 i cronista general de la província de València el 1784. A més dels seus escrits de tema espiritual, la seva tasca d’historiador i arxiver ha estat la més reconeguda, encara que gairebé tota la seva obra ha restat manuscrita i només en part ha estat publicada modernament. Va treballar molts anys en una història de Cocentaina que no va poder completar i en una història general de l’orde mercedari.

El pare Arqués va tenir sempre en els seus estudis històrics i documentals un gran interès pels temes d’art, amb la voluntat de precisar l’autoria de les obres que enriquien les institucions que historiava. Aquest és el cas dels seus treballs Memoria de la fundación y cosas memorables del convento de Santa Lucía del Orden de Ntra. Sra. de la Merced y la Redempción de Cautivos de la noble villa de Elche, de la provincia de Valencia i també de la Noticia de la iglesia vieja del convento de Santa Lucía de la villa de Elche, orden de Ntra. Señora de la Merced, y de lo que en ella se contiene, en els quals es fa especial atenció a les realitzacions artístiques del convent, amb el retaule del final del segle xv de la capella major de l’església gòtica i a altres intervencions posteriors. Es pot advertir el mateix de la seva monografia, Breve historia de Nuestra Señora del Milagro de Cocentayna: trata de su origen, pintada por san Lucas, venerada en Jerusalen mas de quatro siglos. Trasladada á Constantinopla, […], la qual va ser editada a Madrid el 1805, i hi explica l’origen de la devoció a aquesta imatge.
  L’aportació més important d’Arqués a l’estudi de les arts a València el trobem en el seu manuscrit, Colección de pintores, escultores desconocidos sacada de instrumentos antiguos authenticos. L’origen d’aquesta recopilació rau en el fet que Arqués, després de conèixer el llibre d’Agustín Ceán Bermúdez (1749-1849), el Diccionario histórico de los más ilustres profesores de las bellas artes en España, publicat a Madrid el 1800, es va adonar que ell tenia recollides moltes notícies documentals d’artistes valencians que Ceán no esmentava o que coneixia superficialment, i per això es va decidir a fer-ne nou un recull biogràfic. Una còpia d’aquest manuscrit va arribar al poder del col·leccionista madrileny Bernardo de Iriarte (1735-1814), que el va fer arribar al mateix Ceán. Quan va morir aquest darrer, aquest text manuscrit va passar en herència —amb tots els altres papers seus— a la biblioteca de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, on el va trobar l’erudit Manuel Remón Zarco del Valle (1833-1922), el qual el va publicar per primer cop el 1870 a Madrid dins el seu llibre, també de recull documental, Documentos inéditos para la historia de las bellas artes en España. Més modernament, ha estat editat de nou amb una introducció i unes anotacions per Inmaculada Vidal Bernabé i Lorenzo Hernández Guardiola (Alcoi, Obra Cultural de la Caja de Ahorros de Alicante y Murcia, 1982).
  El més interessant del manuscrit d’Arqués és el relatiu gran i nou protagonisme que hi prenen els artistes de l’època medieval. De les cinquanta-tres entrades biogràfiques de pintors, vint corresponen a artistes d’aquest període, mentre que a tot el diccionari de Ceán només hi trobem vint-i-cinc entrades de pintors anteriors al 1500, i gairebé tots ells són del final del segle xv, per un total de centenars de biografies d’artistes que hi figuren. També val la pena destacar l’àmplia biografia que fa Arqués del frare jerònim i pintor Nicolau Borràs Falcó (1530-1610), que era de Cocentaina i que va viure i va treballar al final del segle xvi. Sembla que Marcos Antonio de Orellana, en la seva Biografía pictórica valentina (escrita ca. 1800), també va utilitzar documentació que li va ser cedida pel pare Arqués.

Bibliografia sobre Agustí Arqués i Jover: Justo Pastor Fuster, Biblioteca valenciana de los escritores que florecieron hasta nuestros días, 2 v. (València, Imprenta y Librería de José Ximeno, 1825-1830); Manuel Remón Zarco del Valle, Documentos inéditos para la historia de las bellas artes de España (Madrid, Imprenta de la Viuda de Calero, 1870); Manuel Rico García-Adalmiro Montero Pérez, Ensayo biográfico-bibliográfico de escritores de Alicante y su provincia (Alacant, Tipografía Antonio Reus, 1888); Guillermo Vázquez, «Un benemérito de la historiografia artística de España. El maestro fray Agustín de Arqués Jover 1734-1808» (Archivo Español de Arte y Arqueología, Madrid, 1929, p. 122-124); Xavier de Salas, «Un manuscrito de Arqués Jover» (Archivo Español de Arte, Madrid, 1943, p. 421-422); Gumersindo Placer, Bibliografía mercedaria, 3 v. (Madrid, Publicaciones del Monasterio del Poyo, 1968-1986); Agustín de Arqués Jover, Colección de pintores, escultores desconocidos sacada de instrumentos antiguos, authenticos; estudio, transcripción y notas: Inmaculada Vidal Bernabé y Lorenzo Hernández Guardiola (Alcoi, Obra Cultural de la Caja de Ahorros de Alicante y Murcia, 1982), i Carmen Verdú Cano, «Archivo General en la Mano. El inventario de fray Agustín de Arques Jover del Archivo General de la Orden de la Merced de Madrid», a Homenaje al Profesor Dr. D. José Ignacio Fernández de Viana y Vieites, ed. de Rafael Marín López (Granada, Universidad de Granada, 2012, p. 631-644).