Bonaventura Bassegoda i Hugas és catedràtic d’història de l’art a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) des del novembre del 1998, on exerceix com a professor des de l’octubre del 1978. Ha estat secretari acadèmic del Departament d’Art de la UAB (maig 1989 - juny 1991), director del Gabinet de Dibuixos i Gravats del Museu Nacional d’Art de Catalunya —MNAC— (octubre 1991 - setembre 1993), director del Departament d’Art de la UAB (juny 1994 - maig 1998), membre de la junta directiva del Comité Español de Historia del Arte (octubre 1994 - octubre 2004), gestor d’art de la Subdirecció General de Projectes de Recerca del Ministeri d’Educació i Ciència (març 2004 - gener 2007) i vicerector de Transferència Social i Cultural de la UAB des del mes de gener del 2009 fins al juny del 2012. El 1995 va ser uns dels promotors de la revista científica d’història de l’art, Locus Amoenus, publicada per la UAB, i des del 2001, de la col·lecció de llibres «Memoria Artium», publicada per sis universitats catalanes, el MNAC i el Museu del Disseny. És membre del Consell Assessor Internacional de Goya. Revista de Arte des de l’octubre del 2007, i de les revistes De Arte. Revista de Historia del Arte de la Universitat de Lleó, des del 2008, i de Cuadernos de Arte e Iconografía de la FUE des del 2009, del Boletín del Museo del Prado (des del núm. 51 del 2015), i de la revista Reales Sitios (des del núm. 201 del 2015). Ha estat designat acadèmic electe per la secció d’arts sumptuàries i visuals de la Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi el 19 d’octubre de 2011, i hi va ingressar el 17 d’octubre de 2012. És membre numerari de l’Institut d’Estudis Catalans des del juny del 2017.

Com a investigador, s’ha especialitzat en temes relacionats amb la literatura artística del Renaixement i del Barroc. Ha publicat una antologia de textos, Barroco en Europa, a la col·lecció «Fuentes y documentos para la historia del arte» (Barcelona, 1983), una detallada edició crítica del tractat de Francisco Pacheco, Arte de la pintura, del 1638 (Madrid, Cátedra, 1990), i ha estudiat en tres articles la figura singular de l’escriptor d’art i col·leccionista de dibuixos i estampes, el canonge valencià Vicente Vitoria (Dènia, 1650 - Roma, 1709). S’ha ocupat també del dibuix català antic i va ser comissari de l’exposició «La col·lecció Raimon Casellas», presentada a Barcelona (MNAC) el 1992 i al Museu Nacional del Prado el 1993. Va publicar la monografia La cova de Sant Ignasi (Manresa, Angle, 1994), un dels conjunts barrocs més destacats de Catalunya. Els darrers anys s’ha ocupat d’aspectes relacionats amb la història del col·leccionisme d’art. Ha publicat en forma de llibre una detinguda investigació sobre la col·lecció pictòrica original del monestir de San Lorenzo de El Escorial, El Escorial como museo. La decoración pictórica mueble en el monasterio de El Escorial desde Diego Velázquez hasta Frédéric Quilliet (1809) (Barcelona, Universitat de Barcelona, 2002). Treballa en l’estudi del col·leccionisme d’art a Catalunya els segles xix i xx i en la seva relació amb els orígens i l’evolució de la nostra historiografia artística. Uns primers resultats en aquesta direcció es poden trobar en el volum col·lectiu B. Bassegoda (ed.), Col·leccionistes, col·leccions i museus. Episodis del patrimoni artístic de Catalunya (Barcelona, Universitat de Barcelona, 2007); en la ponència «Joan Antoni Güell i López (1875-1958), segon comte de Güell, tercer marquès de Comillas i primer col·leccionista d’escultura policromada barroca», a B. Bassegoda, J. Garriga, J. París (ed.), L’època del Barroc i els Bonifàs. Actes de les Jornades d’Història de l’Art a Catalunya, Valls, 1, 2 i 3 de juny de 2006 (Barcelona, Universitat de Barcelona, 2007); en l’article «El col·leccionisme d’art a Barcelona al segle xix», al catàleg Ànimes de vidre. Les col·leccions Amatller (Barcelona, Museu d’Arqueologia de Catalunya, 2010); Josep Puiggarí i Llobet (1821-1903), primer estudiós del patrimoni artístic (Barcelona, Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi, 2012); «El gabinet eclèctic de Josep Ferrer-Vidal i Soler (1852-1927)», a Esther Alsina-Clara Beltrán (ed.), El reverso de la historia del arte. Exposiciones, comercio y coleccionismo (1850-1950) (Gijón, Trea, 2015), i Bartomeu Ferrà, Álbum artístico de Mallorca. Edició i estudi per Bonaventura Bassegoda (Bellaterra, Servei de Publicacions de la Universitat Autònoma de Barcelona, 2017). Darrerament ha publicat el volum Visitar les arts del passat. Les exposicions retrospectives a Catalunya, València i Mallorca entre 1867 i 1937 (Barcelona et al., 2022, col. Memoria Artium 29).